炎刚、孟泽、辰天三人与背负旧恨的青木、金磊、玄冥在城市废墟间爆发激烈冲突，身受重伤的依莎却在关键时刻苏醒，但此时的依莎体内寄宿了阴之神骸的化身——白曬。白曬阐述了阳之神骸“腾蛇”正在被异种意识侵蚀的状况，以及Y组织正在执行的可怕计划——开启七处上古遗迹，释放被封印的凶兽。以炎刚为首的主角团不得不与时间赛跑，一边阻止Y组织逐一解开遗迹的行动，一边应对接踵而至的凶兽危机，并在战斗与对峙中逐渐解除与玄冥之间的误会，玄冥也将直面内心的挣扎，找回向往光明的本心。本季通过一连串惊心动魄的守护之战与感人至深的情感救赎，深刻探讨了如何肩负个人责任与团队使命守护正义的主题，展现了超人们在绝境中成长、在黑暗中追寻光明的正向精神，给观众传达积极向上的正能量。

面对第四、第五处遗迹同时解封的险境，炎刚团队首次分兵作战，在全新的战场上与凶兽展开鏖战。在艰难取胜并汇合后，他们又直面被蚀心蛊彻底控制的同伴金磊与第六只凶兽的双重威胁，经历一番波折后成功唤醒了金磊的初心，也打败了凶兽。然而，青木在偏执信仰驱使下，独自解开了最后的第七封印，释放出终极凶兽“烛龙”。与此同时，异种意识积蓄的阴谋终于得逞，被腐蚀的阳之神骸以灭世姿态“腾蛇”降临。在一场力量悬殊的绝望之战中，阴之神骸“白矖”为守护众人而牺牲，而她也将最后的力量赋予了炎刚等人，助力他们与异种意识展开决定世界命运的终局对决。

炎刚、孟泽、辰天三位乾元超人在被指挥官陈默背叛并封印力量后，陷入前所未有的困境。面对失去力量的绝望与Y组织的步步紧逼，三人试图寻找恢复力量的希望。在研究所废墟中，他们从罗教授临终托付的加密U盘中，得知了“神骸之种”的存在，那是远古异能的本源碎片，蕴含着足以改变战局的力量。三人由此踏上寻找碎片的艰险旅程。与此同时，Y组织也在陈默的指挥下，派出坤岚、幽冥、枫影三位黑暗超人争夺碎片。随着碎片的陆续出现，一场围绕“神骸之种”的激烈争夺正式拉开序幕。在战斗中，三人逐渐发现碎片力量背后隐藏的代价与危机，而陈默与Y组织背后的真正目的也逐渐浮出水面“净化计划”并非表面上的救赎，而是异种意识侵蚀地球的阴谋。

一股未知异能量突然爆发，导致生物异变成具有毁灭性的异种怪物，炎刚、孟泽、辰天等普通人在危机中意外觉醒，分别变身成为拥有特殊能力的赤焰、蓝渊、苍穹三位乾元超人。他们为了保护家园和亲人，与异种怪物展开了激烈的战斗。他们加入了专门对抗异种怪物的X组织，在一次又一次的任务中不断成长和增进实力。在X组织的训练下，他们的能力得到了进一步的提升，逐渐成为独当一面的英雄。但Y组织的三位黑暗超人突然出现，形势变得扑朔迷离，指挥官陈默也突然背叛X组织，将炎刚、孟泽、辰天的共鸣能力封印。面对这一突如其来的变故，李威、张岚、赵灵陷入了前所未有的困境，他们不仅要面对失去力量的现实，还要应对来自Y组织的威胁。